La Droplet Digital PCR es un método similar al qPCR pues usa los mismos componentes de reacción, pero se diferencia en la forma en que se mide la cantidad de producto amplificado en términos absolutos.

En esta técnica, la reacción de PCR se separa en miles de gotas en el orden de nanolitros en una emulsión de agua y aceite de forma tal que en cada gota hay una sola molécula blanco o unas pocas.

Luego un equipo mide cada gota para la presencia (1) o ausencia (0) de señal de fluorescencia, de ahí la denominación de digital, luego con un procesamiento estadístico se determina la cantidad de moléculas de ADN en la muestra.

Esta técnica no sustituye a la qPCR en todas las aplicaciones pero es más apropiada para ciertos estudios como la detección de mutaciones, SNPs, número de copias de un gen dentro de un genoma y para detectar pequeños cambios en la expresión de los genes.