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Ómicas
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Un SNP, o polimorfismo de un solo nucleótido, es la sustitución de un nucleótido por otro en una posición determinada del genoma, siempre y cuando esta sustitución se encuentre en al menos el 1% de la población.
Los SNPs son los marcadores más usados actualmente debido a que ofrecen un mayor número de ventajas que otros marcadores, como por ejemplo su gran número y amplia distribución en el genoma de todos los individuos. Esto brinda la posibilidad de construir mapas de alta densidad requeridos para aislar y estudiar genes de caracteres de interés y la posibilidad de usar variados métodos de genotipado automatizados.
bioSEQs ofrece diferentes servicios de detección y validación de SNPs en función de las características de la especie en cuestión y de los objetivos de su proyecto, como son el desarrollo de SNPs a partir de:
Aplicaciones de SNPs:
Cuando se habla de identificación se hace referencia a la clasificación del organismo en cuestión dentro de un grupo o taxón ya establecido, por su parte la tipificación se refiere a una clasificación más específica, identificando variantes que permiten incluso conocer la subespecie. La secuenciación del genoma permite una tipificación más profunda pudiendo ofrecer información como son los genes de resistencia a antibióticos, genes de virulencia, etc.
Esto es necesario en los siguientes casos:
Aplicaciones de identificación y tipificación por secuenciación del genoma completo:
El “DNA barcoding” es un método de identificación de especies que usa un segmento corto de ADN de un gen o genes específicos (ITS, 16S o 18S). Se basa en la premisa de que se puede usar una de estas secuencias individuales como código de barra de la especie (Secuencia ITS de un hongo) y compararla con una biblioteca de esas secuencias, para identificar la especie de la misma manera que los escáneres de los supermercados identifican los productos por su código de barra. El “Metabarcoding” es una identificación taxonómica a gran escala de muestras ambientales complejas que se basa en tecnologías de secuenciación de altos rendimientos, como por ejemplo Illumina disponible en nuestra compañía.
Esta tecnología permite a los investigadores explorar muestras ambientales y de microbioma a un nivel mucho más profundo que lo que era posible hasta ahora.
La qPCR, o PCR cuantitativa, es la técnica más usada y confiable para detectar y determinar la abundancia de microorganismos tales como virus, bacterias, archaea, hongos y protistas en muestras de tejidos vegetales o animales, muestras de suelo y otras muestras ambientales.
Es altamente específica pues se basa en la detección de un segmento de ácidos nucleicos de la especie en estudio, además es un ensayo rápido y rentable.
Para cuantificar la cantidad de microorganismos presentes en una muestra dada, se generan curvas de calibración a partir de concentraciones conocidas de ADN plasmídico o genómico. Al correr nuestras muestras y compararlas con esta curva se puede cuantificar el número de moléculas de ácido nucleico presentes en las muestras de interés.
El proceso consta de las siguientes etapas principales:
Los microsatélites, o Simple Sequence Repeats (SSRs), son motivos de 1-6 nucleótidos repetidos adyacentes que se encuentran distribuidos en el genoma tanto en regiones codificantes como no codificantes.
La técnica de microsatélites consiste en la amplificación por PCR de estas regiones hipervariables empleando cebadores para regiones específicas que rodean los microsatélites.
Entre sus ventajas se encuentran las de ser relativamente abundantes, el alto nivel de variación alélica, presentar herencia codominante, la simplicidad analítica, y la repetibilidad de los resultados entre laboratorios.
Con el advenimiento de las técnicas de secuenciación se ha ampliado el rango de especies para las que existen cebadores disponibles para realizar esta técnica de marcadores moleculares.
Su sencillez y alta reproducibilidad la hacen especialmente útil para la caracterización de clones y la identificación varietal.
bioSEQs ofrece servicio de identificación varietal con marcadores microsatélites para diversas especies vegetales.
El proceso consta de las siguientes etapas:
Tel. 983 100 001 – 902 410 430
