Mediante esta metodología se determina el orden o secuencia de los nucleótidos o bases nitrogenadas: adeninas (A), citosinas (C), guaninas (G) y timinas (T) a lo largo de la molécula de ADN. Con las nuevas tecnologías de Secuenciación de Nueva Generación NGS, el costo y el tiempo requerido para la secuenciación han disminuido significativamente. Existen diferentes plataformas y protocolos basados en NGS según el objetivo del proyecto de secuenciación.
Secuenciación del genoma completo
Mediante esta técnica se secuencia el ADN de manera global, incluyendo además de las regiones que codifican proteínas, aquellas regiones no codificadoras (intrones, espaciadores génicos y el ADN “basura”) y los genes que regulan la expresión genética.
Secuenciación del exoma
Secuenciación automatizada del exoma: Se secuencia el exoma, la fracción del genoma constituida por los exones, estos representan las regiones codificadoras del ADN y contienen información para la biosíntesis de proteínas. Esta secuenciación permite centrar los recursos en aquellos genes con mayores probabilidades de afectar el fenotipo.
Secuenciación "de novo"
Se usa para la secuenciación de aquellos genomas para los cuales no existe una secuencia de referencia disponible en las bases de datos. Proporciona información útil para mapear genomas de nuevas especies o para completar la secuenciación de genomas de organismos conocidos. Se puede usar para la secuenciación del genoma completo y también para hacer Shotgun sequencing de todo el genoma.
Secuenciación "Shotgun"
Esta técnica constituye la forma más eficiente para secuenciar un fragmento largo de ADN. El método consiste en cortar al azar la molécula de ADN en pequeños fragmentos que son secuenciados de manera individual, y posteriormente las secuencias resultantes se ensamblan mediante programas bioinformáticos. Este proceso se repite una y otra vez, hasta lograr la obtención de la secuencia completa del ADN.
Secuenciación dirigida de secuencias específicas
La secuenciación dirigida de próxima generación le permite secuenciar áreas específicas del genoma para análisis en profundidad de manera más rápida y rentable que la secuenciación del genoma completo (WGS). La secuenciación dirigida utiliza una secuenciación profunda para detectar variantes nuevas y conocidas dentro de su región de interés. Este método generalmente requiere menos cantidad de muestra y produce una menor cantidad de datos que WGS, lo que hace que los análisis sean más manejables. Es de utilidad para el estudio de la biodiversidad de nuestro planeta, para la detección de genes relacionados con enfermedades hereditarias y para monitorear el efecto del medio ambiente en nuestro genoma, entre otras.
